GTK-Doc 1.9
Ao usar xml em vez de sgml, na verdade, é possível nomear o documento mestre <pacote>-docs.xml.
Essa versão provê suporte SCAN_OPTIONS=--rebuild-sections em Makefile.am. Quando esta opção está habilitada, o <package>-sections.txt é auto-gerado e pode ser removido a partir do VCS. Isso só funciona corretamente para projetos que têm uma estrutura muito regular (ex.: cada par .{c,h} vai criar uma nova seção). Se uma pessoa organiza um projeto próximo a isso atualizando um arquivo de seção mantido manualmente pode ser tão simples quanto executando meld <package>-decl-list.txt <package>-sections.txt.
A versão 1.8 já introduziu a sintaxe para documentação seções nos fontes em vez dos arquivos separados sob tmpl. Essa versão adiciona opções para alternar todo o módulo de documentação para não usar a etapa de compilação extra do tmpl, usando --flavour no-tmpl no configure.ac. Se você não possui um tmpl no seu sistema de controle de versão e ainda não trocou, basta adicionar uma opção ao configure.ac e está resolvido.