Integración con automake
Primero copie el archivo Makefile.am de la subcarpeta examples de gtkdoc-sources a la carpeta de documentación de la API de su proyecto (./docs/reference/<package>). Debería haber una copia local disponible en /usr/share/doc/gtk-doc-tools/examples/Makefile.am. Si tiene varios paquetes de documentación, repítalo para cada uno de ellos.
El siguiente paso es editar la configuración dentro de Makefile.am. Todos los ajustes tienen un comentario encima que describe su propósito. Muchos ajustes son opciones adicionales pasadas a las respectivas herramientas. Cada herramienta tiene una variable de la forma <NOMBRE_DE_LA_HERRAMIENTA>_OPCIONES. Todas las herramientas soportan --help para listar los parámetros que soportan.