Intégration avec automake
Pour commencer, copiez le fichier Makefile.am depuis le sous-répertoire des exemples de gtkdoc-sources vers le répertoire de documentation d'API du projet (./docs/reference/<paquet>). S'il y a plusieurs paquets de documentation, répétez cette étape pour chacun d'eux.
L'étape suivante est de modifier les options dans le fichier Makefile.am. Toutes les options sont accompagnées d'un commentaire au-dessus qui explique leur fonction. La plupart des options sont des paramètres supplémentaires qui sont passés aux outils respectifs. Chaque outil possède une variable de la forme <NOM_DE_L_OUTIL>_OPTIONS. Tous les outils prennent en charge l'option --help qui affiche la liste des options prises en charge.
Il est aussi possible d'activer GTK-Doc pour la cible distcheck de make. Il faut juste ajouter la ligne suivante au fichier Makefile.am du répertoire racine :
DISTCHECK_CONFIGURE_FLAGS=--enable-gtk-doc