Integración con autogen
La mayoría de los proyectos tienen un script autogen.sh para configurar la infraestructura de construcción después de hacer un «checkout» desde los sistemas de control de versiones (tales como cvs/svn/git). GTK-Doc tiene una herramienta llamada gtkdocize que se puede usar en tal script. Se debería ejecutar antes que autoheader, automake o autoconf.
gtkdocize || exit 1
Al ejecutar gtkdocize copia gtk-doc.make a la raíz de su proyecto (o cualquier directorio especificado por la opción --docdir). También comprueba su script de configuración para la invocación de GTK_DOC_CHECK. Esta macro se puede usar para pasar parámetros adicionales a gtkdocize.
Históricamente GTK-Doc generaba plantillas de archivos donde los desarrolladores introducían los documentos. Al final esto resulto no ser muy bueno (por ejemplo, por la necesidad de tener archivos generados bajo un control de versiones). Desde la versión de DTK-Doc 1.9 las herramientas pueden obtener toda la información desde los comentarios del código fuente y por ello se pueden evitar las plantillas. Se anima a los desarrolladores a mantener su documentación en el código. gtkdocize ahora soporta una opción --flavour no-tmpl que elije un makefile que omite completamente el uso de plantillas. Además de añadir la opción directamente a la línea de comandos al invocarlo, se pueden añadir a una variable de entorno llamada GTKDOCIZE_FLAGS o configurar como un segundo parámetro en la macro GTK_DOC_CHECK en el script de configuración. Si nunca ha cambiado un archivo tmpl (plantilla) a mano, elimine el directorio una vez (ej. del sistema de control de versiones).